Ngày 21/6/2021, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 60/2021/NĐ-CP quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập có hiệu lực thi hành từ ngày 15/8/2021, thay thế Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập; Nghị định số 54/2016/NĐ-CP ngày 14 tháng 6 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của tổ chức khoa học và công nghệ công lập; Nghị định số 141/2016/NĐ-CP ngày 10 tháng 10 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác; Nghị định số 85/2012/NĐ-CP ngày 15 tháng 10 năm 2012 của Chính phủ về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập và giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh của các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh công lập.

Nghị định số 60/2021/NĐ-CP có nhiều nội dung mới so với các Nghị định cũ. Trong đó quy định rõ Danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước; thẩm quyền sửa đổi, bổ sung hoặc ban hành danh mục chi tiết dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước; xác định Giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước; lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước; dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng ngân sách nhà nước; Phân loại mức tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công và cách xác định mức tự đảm bảo chi thường xuyên; quy định cụ thể về cơ chế tự chủ tài chính đối với từng nhóm đơn vị tự chủ;

Nghị định số 60/2021/NĐ-CP cũng phân các đơn vị tự chủ thành 04 nhóm như trước đây. Tuy nhiên, đối với nhóm 3 (Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên) được phân thành 3 loại: Đơn vị tự bảo đảm từ 70% đến dưới 100% chi thường xuyên; Đơn vị tự bảo đảm từ 30% đến dưới 70% chi thường xuyên; Đơn vị tự bảo đảm từ 10% đến dưới 30% chi thường xuyên.

Theo điều khoản chuyển tiếp, các đơn vị đã được giao quyền tự chủ tài chính theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP, Nghị định số 54/2016/NĐ-CP, Nghị định số 141/2016/NĐ-CP  thì tiếp tục thực hiện theo phương án tự chủ tài chính được cấp có thẩm quyền phê duyệt đến hết năm 2021. Từ năm 2022, các đơn vị sự nghiệp công thực hiện theo quy định tại Điều 35 của Nghị định số 60/2021/NĐ-CP  và các quy định sau:

- Đến ngày 31 tháng 3 năm 2022, đơn vị nhóm 3 và đơn vị nhóm 4 thực hiện báo cáo cơ quan quản lý cấp trên phê duyệt phương án tự chủ tài chính;

- Đến ngày 30 tháng 6 năm 2022, các bộ, cơ quan trung ương, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện phê duyệt phương án tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công thuộc phạm vi quản lý sau khi có ý kiến của cơ quan tài chính cùng cấp.